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한반도 대운하 공약은 이명박 대통령의 주요 공약 중 가장 큰 쟁점으로 부각되고 있는 공약이다. 대운하 공약은 한나라당 내부에서도 이견이 나오는가하면, 다른 정당과 시민 · 환경 단체들이 크게 반대하고 있어 추진 과정에 있어 적지 않은 진통이 예상되어 왔다.
한편, 이명박 대통령은 2008년 5월 21일, 강을 하수구인양 쓰는 곳은 우리나라 말고는 없다며 이런 것을 개선해야 한다고 밝히며 수로부터 정비하고, 강을 연결하는 것은 뒤로 미루겠다고 언급했다.
이같은 발언은 언론에서 한반도 대운하를 단계별로 추진할 것이라고 해석되며 다시금 논란을 불러일으켰다.
5월 24일에는 대운하 사업의 경제성 조사를 진행하던 국책연구원의 박사가 포털사이트에 4대강 정비 사업의 실체는 대운하 사업이라는 요지의 글을 올려 파문이 더욱 확산된 바 있으며, 정부는 이를 적극 반박했다.
6월 1일에는 정부가 한반도 대운하와 관련 연구용역 사업 등 정부의 추진상황을 보다 적극적으로 국민들에게 홍보해 나갈 방침인 것으로 알려졌으나, 다음날 바로 쇠고기 정국으로 혼란스러운 상황에서 대운하 건설 관련 논의를 잠정적으로 중단하기로 했다고 밝혀 혼란을 주었다.
결국, 한반도 대운하 사업은 반대 여론이 거세짐에 따라 이명박 대통령이 6월 19일 대국민 담화를 통해 국민이 반대한다면 추진하지 않겠다고 밝혀 사실상 폐기되었다. | 
대운하와 4대강 프로젝트 논란
